دکتر مسعود پزشکیان، رییس‌جمهور جمهوری اسلامی ایران، در واکنش به گزارش‌ها درباره بدرفتاری با مهاجران خراسان‌افغانستان در زمان اخراج، اذعان کرد که اجرای چنین برنامه‌ای با این وسعت، «نمی‌تواند خالی از اشکال باشد.»
به گزارش خبرگزاری ایسنا، رئیس‌جمهور ایران با تأکید بر ضرورت ساماندهی وضعیت مهاجران، گفت: «اخراج مهاجران خراسان‌افغانستان یک اقدام ضروری برای ساماندهی شرایط اقامت در کشور است و در بلندمدت به نفع خود آنان نیز خواهد بود.»
پزشکیان با اشاره به برخی برخوردهای نادرست در جریان اخراج مهاجران، اظهار داشت: «ما باید بکوشیم تا این روند در کمال احترام و آرامش انجام شود و شأن انسانی مهاجران حفظ گردد.»
او در ادامه سخنان خود، از برخی انتقادات مطرح‌شده از سوی نهادهای حقوق‌بشری نیز انتقاد کرد و گفت: «عده‌ای حقوق‌بشر را به‌عنوان یک حقه سیاسی به‌کار می‌برند و از آن سوءاستفاده می‌کنند.»
این در حالی‌ست که در هفته‌های اخیر، با تشدید روند اخراج مهاجران خراسان‌افغانستان از سوی ایران، گزارش‌های متعددی از نقض حقوق آنان منتشر شده است.
برخی منابع از مواردی چون پاره کردن اسناد اقامتی، آزار فیزیکی، فوت مهاجران در بازداشتگاه‌ها، و مصادره پول و دارایی‌های آنان توسط برخی افراد سودجو و کارفرمایان ایرانی خبر داده‌اند.
ایران پس از اعلام آتش‌بس با اسرائیل، روند بازگرداندن مهاجران خراسان‌افغانستان را سرعت بخشیده و بر اساس گزارش منابع محلی، روزانه هزاران تن از مرزهای شرقی به خراسان‌افغانستان بازگردانده می‌شوند.
